Kenet lasketaan kuolleiksi, ja milloin?

Kaikki, mitä halusit tietää Covid-19:n kuolleisuudesta, osa 2.


THL esittää koronaviruksen kuolleisuudeksi 0,1-0,2 %. Uskomme, että parhaaseen näyttöön perustuva arvio todellisesta infektiokuolleisuudesta on lähempänä 0,6-1,0 % haarukkaa.[1] Kuolleisuussarjan toisessa kirjoituksessa käsittelemme menehtyneiden todellista määrää. Muusta sivustostamme poiketen tämä kirjoitus on lähtökohtaisesti kantaaottava. Pyrimme silti parhaan kykymme mukaan arvioimaan näyttöä tasapuolisesti.


Analyysin ensimmäisessä osassa ryhdyimme selvittämään kuolleisuutta, tarkoittaen menehtyneiden osuutta kaikista tartunnan saaneista, ja törmäsimme välittömästi ensimmäiseen ongelmaan: taudin esiintyvyys väestössä on toistaiseksi niin pientä, että tartuntojen määrää on edelleen erittäin vaikea arvioida vasta-ainetutkimusten perusteella.

Voimmeko kuitenkin etsiä kuolleisuudelle ylärajaa laskemalla kuolleisuus vahvistettujen tapausten osalta? Tämä tieto on ainakin nimellisesti saatavilla. Tartuntojen määriä ja koronavirukseen kuolleita on raportoitu epidemian alusta saakka. Menehtyneiden määrä ei kuitenkaan ole niin yksiselitteinen numero, kuin aluksi voisi luulla. Sen arviointiin liittyy kolme haastetta:

  • Sairauden kesto tartunnasta kuolemaan. Tänään menehtyvä on sairastunut kauan sitten.
  • Viive raportoinnissa. Tänään raportoitu kuolema on tapahtunut useita päiviä sitten.
  • Kuolintilastojen puutteellisuus. Kaikkia koronavirukseen menehtyneitä ei raportoida.

Taudin todellinen uhriluku on päätöksenteossa ratkaisevan tärkeä tekijä. Siksi näihin ongelmiin on syytä perehtyä yksityiskohtaisemmin.





1. Sairauden kesto


THL on käyttänyt termejä tapauskuolleisuus, eli CFR - kuolleisuus vahvistettujen tartuntojen joukossa; infektiokuolleisuus, eli IFR - kuolleisuus kaikkien sairastuneiden joukossa; sekä väestökuolleisuus, eli kuolleisuus koko väestössä. Kansainvälisesti termiä IFR käytetään harvoin - vertaisarvioidusta tutkimuskirjallisuudesta löytyy vain 2 osumaa 7000 artikkelin joukosta. Tämä on harmillista, koska THL:n jako on erittäin selkeä, kun taas kansainvälisessä kontekstissa on oltava erityisen tarkka käytetystä määritelmästä.

Ylläoleva graafi esittää nimenomaan naiivin CFR-luvun: menehtyneiden määrän jaettuna vahvistettujen tartuntojen määrällä. Suomen kohdalla luku on tällä hetkellä n. 4%, Uuden Seelannin kohdalla 2 % ja Ruotsissa lähes 12 %.

CFR-luvulla on indikaattorina useita heikkouksia, minkä lisäksi se muuttuu jatkuvasti mm. testauskriteereiden, terveydenhuollon kapasiteetin ja hoitomenetelmien muuttuessa.

Eräs varsin ilmeinen heikkous on se, että nykyhetkellä menehtyvät ovat sairastuneet kauan sitten. Taudin kesto kuolemaan johtavissa tapauksissa vaihtelee huomattavasti. Kesto jakautuu siten, että tartuntaa seuraavan kahden viikon aikana menehtyy n. 14 % potilaista, mediaanipotilas menehtyy 24. päivään mennessä; ja 25 % menehtyvistä potilaista on edelleen elossa taudin 30. päivänä. (Eksakti matematiikka ja lähteet [2])

Taudin kesto kuolemaan johtavissa tapauksissa

Onko olemassa tiedeyhteisön hyväksymää tapaa ottaa tämä huomioon?

Lancet Infectious Diseases julkaisi maaliskuun 12. päivä artikkelin “Real estimates of mortality following Covid-19 infection”, jossa David Baud kollegoineen esitti CFR-luvun johtavan harhaan ja aliarvioivan kuolleisuutta. Tutkijoiden mukaan CFR-laskuissa pitäisi ottaa huomioon taudin kesto, ja menehtyneiden määrä pitäisi jakaa 14 päivää sitten raportoiduilla vahvistetuilla tartunnoilla.

Artikkeli on saanut osakseen varsin kovasanaista kritiikkiä. Harvardin epidemiologian professori Marc Lipsitchin mielestä kirjoittajien menetelmä pikemminkin vääristi CFR-lukua, kuin korjasi sitä; kirjoittajien lukeneisuus ja ymmärrys epidemiologiasta olivat puutteellisia; ja ennen kaikkea kirjoittajien analyysissä oli aivan ilmeisiä vikoja, eikä sen olisi pitänyt koskaan päästä vertaisarvionnista läpi. [3] Omat kriittiset vastineensa kirjoitukseen lähettivät Lipsitchin lisäksi kanadalaisen yliopiston Kim et al. sekä Spychalski et al. Gdanskista.

Lipsitch on alan johtavia asiantuntijoita ja sinänsä oikeassa: epidemiologit ovat pohtineet kuolleisuusarvioiden tarkkuutta ja niiden korjaamista jo pitkään, ja todennäköisesti käsitelleet aihetta Baudia perusteellisemmin ja monipuolisemmin. Kirjallisuus ei ole kuitenkaan tarjonnut ratkaisua nimenomaan tapauskuolleisuuden reaaliaikaiseen arviointiin, sanan THL:n tarkoittamassa merkityksessä. Tällä indikaattorilla on voinut olla päätöksenteon kannalta vähäisempi merkitys aiempien epidemioiden aikana, mutta nykyinen tilanne vaatii mahdollisimman tarkkaa ja ajantasaista tilannekuvaa. Baudin artikkeliin onkin reilussa kuukaudessa viitattu yli 100 kertaa.

Vaikka muutkin tutkimusryhmät ovat esittäneet omia ehdotuksiaan tapauskuolleisuusviiveen korjaamiseksi, yksikään niistä ei ole vakiintunut tiedeyhteisön hyväksymäksi menetelmäksi. Arvostetutkin tutkijaryhmät jatkavat silti viivekorjattujen CFR-laskelmien käyttöä. Menetelmästä riippuen taudin kestolla korjattu tapauskuolleisuus olisi Suomessa n. 6-7 %, eli nykyisestä 5 176 tartunnasta fataaleiksi arvioidaan n. 300-350 tapausta.



2. Viive raportoinnissa.


Kun THL päivittää tilannekatsauksen, miltä ajalta tiedot ovat?

THL:n asiantuntijat ovat selkeästi sanoneet, että tiedoissa on viive: kuolintieto kerätään ad-hoc-järjestelyin, terveydenhuollon yksiköistä sairaanhoitopiireille, ja vasta sairaanhoitopiireistä sosiaali- ja terveysministeriöön ja THL:lle. Tartuntamäärät taas saadaan THL:n tartuntatautirekisteristä, johon ilmoitukset tulevat suoraan laboratorioista tai diagnoosin vahvistaneelta lääkäriltä.

Suomessa raportointiviive ei ole noussut julkiseen keskusteluun. Englannissa ja Ruotsissa ilmiöön on kiinnitetty enemmän huomiota.

Ensimmäisenä asiasta kirjoitti Financial Times. Huhtikuun alussa lehti vertaili GOV.UK-sivustolla julkaistuja lukuja kansallisen terveydenhuollon kuolintilastoihin, joihin oli merkitty todellinen kuolinpäivä. Eroa syntyi n. 80 % - 100 %, eli Englannin luvuista puuttui lähes puolet menehtyneistä.

Daily coronovirus deaths delay in England

Lisää grafiikkaa sekä analyysin metodologia löytyy toimituspäällikkö Chris Gilesin twitter-tililtä. On korostettava, että yllä olevat luvut sisältävät ainoastaan sairaaloissa menehtyneet ja nimenomaan heidän kohdallaan toteutuneen raportointiviiveen.

Ruotsissa tutkijatohtori Adam Altmejd on seurannut kuolintietojen raportointiviivettä.

Raportointiviive Ruotsissa

Noin puolet kuolintiedoista raportoidaan yli viiden päivän viiveellä, ja merkittävä osa yli viikon myöhässä. Ajantasaiset grafiikat, aineisto ja analyysin koodi löytyvät hänen omilta sivuiltaan. Viive hankaloittaa paitsi tapauskuolleisuuden laskemista, myös kuolleisuushuipun tunnistamista:

Swedish Covid-19 mortality: Death dates by reporting date


3. Kuolintilastojen puutteet.


Maailmanlaajuisesti jopa 60% koronaviruskuolemista jää raportoimatta ja näkyy ainoastaan kokonaiskuolleisuuden kasvuna, koska mm. kotonaan ja hoivakodeissa menehtyneitä jää tilastoimatta. Koronaviruksen aiheuttamaa ylimääräistä kuolleisuutta, eli ylikuolleisuutta, ovat seuranneet mm. 2009 sikainfluenssaepidemian yhteydessä perustettu Euromomo-projekti sekä kansainvälisestä mediasta mm. The Economist, Financial Times, ja New York Times.


The Economist: ylikuolleisuus valituissa maissa
Helsingin Sanomat käsitteli aihetta lauantaina 2.5. HS:n haastatteleman THL:n tutkimusprofessori Seppo Koskisen mukaan ilmiö ei koske Suomea aiemmin esille tulleita hoivakotikuolemia lukuunottamatta. Tilastokeskuksen yliaktuaari Markus Rapon mukaan ylikuolleisuudesta ei Suomessa ole havaintoja.

On huomioitava, että Tilastokeskus julkaisee viikoittaiset luvut kahden viikon viiveellä, jolloin HS:n jutun kirjoitushetkellä on heidän käytössään ollut korkeintaan huhtikuun 11. päivään asti ulottuva aineisto. Tuohon mennessä oli raportoitu vain murto-osa kaikista Suomessa vahvistetuista koronaviruskuolemista. Edes 200 % raportoitua korkeampi koronaviruskuolleisuus ei vielä erottuisi kokonaiskuolleisuudessa.


Lopuksi


Sairauden kesto, tiedonkulun viive sekä puutteet kuolleisuusraportoinnissa johtavat yhdessä siihen, ettei CFR-luvun pohjalta voi muodostaa selkeää käsitystä Covid-19:n kuolleisuudesta. Artikkelisarjan seuraavassa osassa tutustumme kokonaiskuolleisuuden arviointia paremmin tukevaan näyttöön.



Kiitämme kirjoituksen luonnoksen lukeneita ja sitä kommentoineita henkilöitä: Antti Lahdenperä, Timo Ilomäki, Juhani Bonsdorff, Santtu Vekkeli, Milja Kalliosaari, John Helin, Daniel Schildt.

Tilaa uutiskirje ja seuraa Pandemia.fi-sivustoa Twitterissä lukeaksesi tekstit ensimmäisten joukossa.



[1] Pidämme myös täysin mahdollisena, että kuolleisuus on 1 % suurempi. Olemme luetelleet joitakin arviota tukevia tutkimustuloksia esseen 1. osassa. Myös THL:n entinen tutkimusprofessori Matti Jantunen on päätynyt samankaltaisiin tuloksiin. Tarkempaan näyttöön väitteen tueksi palaamme tämän analyysin kolmannessa osassa.

[2] Aika tartunnasta kuolemaan, mitattuna päivissä, voidaan mallintaa gammajakaumaa noudattavana satunnaismuuttujana ~Γ(k = 6.3, θ = 3.8), perustuen Imperial College Report #13:ssa 30.3.2020 esitettyyn malliin. Viimeaikainen potilasdata ei ole ainakaan avainlukujen perusteella huomattavassa ristiriidassa tämän parametrisoinnin kanssa (1, 2, 3). Takaisin tekstiin.

[3] Kirjoittajat olivat gynekologeja, eivät epidemiologeja, ja artikkelin sävy, otsikkoa myöten, on voinut kieltämättä vaikuttaa arrogantilta.

"The authors make the situation worse: correcting for delay (with an invalid method) -- Baud and colleagues' estimates are not real; they are in fact less real than the biased calculations they claim to correct. -- Authors have a responsibility to read and understand relevant background literature and look for obvious flaws in their own analysis. This work does not appear to have met that standard.”